Sekolah Tinggi Agama Islam Terpadu (STAIT) Yogyakarta berdiri sejak tahun 1995 dengan nama awal Sekolah Guru Taman Kanak-kanak Islam Terpadu (SGTKIT). Didirikan oleh Ibu Ir. Hj. Lilik Indriati dan perintis manajemen yaitu Ibu Endang Pardijatmi, M.Pd. Pada tahun 2010, STAIT Yogyakarta mendapatkan ijin operasional dengan SK no : Dj.I/351/2010. Saat ini STAIT membuka 3 program studi yaitu Manajemen Pendidikan Islam (S1), Manajemen Dakwah (S1) dan Pendidikan Guru Playgroup (D1). Selain program-program tersebut, ada pula program pelatihan ustadz-ustadzah jaringan Sekolah Bina Anak Sholeh (BIAS) se-Indonesia.

Pendirian STAIT Yogyakarta ini didorong oleh upaya mempersiapkan sumber daya manusia untuk menjadi tenaga pendidik dan pengelola lembanga keuangan syariah (BMT) jaringan Bina Anak Sholeh. Oleh karenanya STAIT Yogyakarta menempatkan semua lulusannya menjadi tenaga pendidik di sekolah unggulan jaringan BIAS dan lembaga keuangan syariah (BMT) BIAS.

Dalam perkembangannya, lulusan STAIT Yogyakarta juga diserap oleh berbagai lembaga pendidikan unggulan lainnya. Lulusan STAIT Yogyakarta memiliki kualifikasi standar untuk menjadi tenaga kerja yang diakui oleh pemerintah dan swasta khususnya dalam bidang pendidikan dan lembaga keuangan syari’ah.